Във втората половина от сезон 1999/00 литовецът помага на тима от [[Сан Себастиян]] да се оцелее в [[Примера дивисион]]. На следващия сезон Янкаускас става голмайстор на тима с 11 попадения. По това време Едгарас отново е избран за футболист на годината в Литва (2000 и 2001 г.). Впоследствие обаче литовецът губи мястото си в тима, поради привличането на [[Дарко Ковачевич]]. През 2002 г. Янкаускас е даден под наем в [[Бенфика]]. За един полусезон нападателят успява да се превърна в любимец на феновете на "орлите", забивайки 8 гола за 12 срещи. Лисабонският клуб обаче се намира в криза и не успява да закупи нападателя.
През лятото на 2002 г. Янкаускас преминава във вечния враг на [[Бенфика]] - [[ФК Порто|Порто]]. Лично треньорът [[Жозе Моуриньо]] настоява за привличането на литовеца. В състава на "драконите" Янкаускас постига най-значимите си успехи. Макар да играе ролята на резерва на [[Елдер Пощига]], таранът се отличава с 9 гола в 30 мача в първия си сезон и допринася за спечелването на [[Купата на УЕФА]] с 4 гола в турнира.<ref>[http://www.fanface.bg/ultra/item/11701-%D1%81%D0%BD%D0%B8%D0%BC%D0%BA%D0%B8-%D0%B8-%D0%B2%D0%B8%D0%B4%D0%B5%D0%BE-%D0%B7%D0%B0%D0%B1%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%82%D0%B5-%D0%BE%D1%82%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%B8-%D1%81%D0%BF%D0%B5%D1%86%D0%B8%D0%B0%D0%BB%D0%BD%D0%B8%D1%8F-%D0%BF%D0%BE%D1%80%D1%82%D0%BE-%D1%87%D0%B0%D1%81%D1%82-%D1%96.html СНИМКИ И ВИДЕО: Забравените отбори: Специалния Порто (част І)]</ref> Паралелно са спечелени първенството и купата на Португалия. На следващия сезон "драконите" дублират шампионството си и стават Европейски клубни шампиони, след като побеждават [[ФК Монако|Монако]] във финала на [[Шампионската лига]].<ref>[http://www.fanface.bg/ultra/item/11738-%D1%81%D0%BD%D0%B8%D0%BC%D0%BA%D0%B8-%D0%B8-%D0%B2%D0%B8%D0%B4%D0%B5%D0%BE-%D0%B7%D0%B0%D0%B1%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%82%D0%B5-%D0%BE%D1%82%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%B8-%D1%81%D0%BF%D0%B5%D1%86%D0%B8%D0%B0%D0%BB%D0%BD%D0%B8%D1%8F-%D0%BF%D0%BE%D1%80%D1%82%D0%BE-ii-%D1%87%D0%B0%D1%81%D1%82.html СНИМКИ И ВИДЕО: Забравените отбори: Специалния Порто (II част)]</ref>
С напускането на Моуриньо в посока [[ФК Челси|Челси]], литовецът се оказва ненужен в Порто. Нападателят е даден под наем във френския [[ОЖК Ница|Ница]]. Едгарас не успява да се наложи и не успява да се отчете с гол по време на престоя си във Франция.
