Преди 15 април 175 пр.н.е. тя се омъжва за брат си [[Птолемей VI]] и двамата имат титлата ''theoí Philométores'' (''обичащи майка си богове'').
От 163 до 145 пр.н.е. тя управлява заедно с нейния брат-съпруг [[Птолемей VI]] до неговата смърт. След това тя се омъжва за нейния втори брат [[Птолемей VIII]], който през 141 пр.н.е. се жени и за нейната дъщеря [[Клеопатра III]] и до нея я издига за втората царица. През 132 пр.н.е. тя организира въстание против нейния брат, загубва обаче и трябва да избяга около 128 пр.н.е. в [[Сирия]]. След като се сдобряват тя управлява Египет от 124 пр.н.е. отново заедно с нейния брат и нейната дъщеря. След смъртта на Птолемей VIII (116 пр.н.е.) тя поема с Клеопатра III и нейния син [[Птолемей IX]] управлението, но умира малко след това.
Клеопатра II ражда на нейния брат-съпруг Птолемей VI най-малко четири деца:
