Михаил Сапунаров роден на 24 юли 1867 г. в Сливен в семейството на Стефан Сапунджииваноолу и Хаджи Марийка. Баща му произвежда сапун, откъдето идва и фамилията му. През 1885 г. Михаил Сапунаров завършва местната гимназия в Сливен. През 1887 г. завършва военното училище в София, като на 27 април е произведен в чин [[подпоручик]]. Зачислен е в [[Осми пехотен приморски полк|8<sup>-мии</sup> пехотен приморски полк]], а по-късно е и ротен командир на същия. На 18 май 1890 е произведен в чин [[поручик]]. От 1895 до 1900 г. е във 2<sup>-ри</sup> пехотен сливенски полк. От 1900 г. е адютант в Щаба на трета пехотна балканска дивизия. След това служи в 20-тии пехотен добруджански полк и 11-тии пехотен сливенски полк. През 1904 г. е изпратен да учи във Френската генералщабна академия, която завършва с отличие. След завръщането си е назначен за командир на дружина в първи пехотен софийски полк. От 1909 г. е командир на рота във Военното училище. На следващата година прекъсва службата си и заедно с майор [[Петър Мидилев]] заминават за Одрин като продавачи на боза, за да проучат укрепленията при Одрин и да направят техни скици, които впоследствие са използвани в Балканската война<ref>Янакиева, В., Владова, В. и Рангелов, В. За славното българско войнство – генерали от Сливен и сливенския край 1878 – 2012 г., ИК „Жажда“. 2012, с. 84</ref>. При завръщането си е назначен за командир на седми пехотен преславски полк. През Балканската война е командир на дружина в 48-и пехотен полк в Балканската война, с който се сражава при Люлебургас и Чаталджа. След Чаталджа е назначен за командир на 16-тии пехотен ловчански полк. През 1913 г. е командир на 63-ти пехотен полк в Междусъюзническата война. Воюва със сърбите при Черни връх и връх Тумба. Осуетява опит за пробив на сърбите към Трън. От 1913 до 1914 г. е комендант на София.
