През 1918 г. Болшевикитеболшевиките подписват Брест-литовскилитовския мирен договор с централните сили и германците окупират Донбас, което кара Хрушчов да се върне в Калиновка. В края на 1918, началото на 1919, той е мобилизиран към Червената армия като политически пратеник. Пост създаден на скоронаскоро, за да втълпява болшевишките идеи сред новобранците и за да подсилва морала сред войсковите части.
През 1918 г. става ръководител на отрядаотряд „[[Червена гвардия]]“ в Рутченково и политически комисар на 2-ри батальон, 74 полк, 9 пехотна дивизия в 9 [[Червената армия]] на Царичинския фронт. После става инструктор на политическата [[Кубан]]ска армия. След края на войната е на икономическа и партийнатапартийна длъжност. През 1920 г. става политически лидер, заместник-управител на Рутченсковската мина. Гражданската война завършва през 1921 г. и Хрушчов е демобилизиран и изпратен в Донбас, където той и хората му живеят в лоши условия. През 1922 г. Хрушчов се връща в Юзовка и се записва в университет. През юли 1925 г. е назначен за лидер на Петрово-Маринската партия в Сталинска област.
Войната оставя след себе си една напълно разрушена държава, в която гладът и болестите взимат стотици хиляди жертви, сред които и съпругата на Никита, Ефрозиния. Тя умира от тиф в Калиновка, докато Хрушчов е още в армията. Той се прибира за погребението и верен на своите болшевишки принципи отказва ковчегът на жена му да влезе в църквата на селото, дори пренася ковчега над ограждението на гробището до самата гробница, въпреки всеобщото възмущение на селяните.
