От есента на 1889 година е ученик в Белградската гимназия като стипендиант на дружество „[[Свети Сава (дружество)|Свети Сава]]“ под името '''КърстаКръста Петкович'''.<ref>{{Цитат уеб|уеб_адрес=http://macedonia.kroraina.com/misirkov.html|заглавие=Истинският образ на неуравновесения Кр. Мисирков|автор=|фамилно_име=Михайлов|първо_име=Иван|дата=|труд=|архив_дата=|достъп_дата=12 октомври 2020 г}}</ref> През февруари 1890 година Мисирков, заедно с 39 разбунтували се ученици и студенти родом от Македония, напуска Белград и продължава учението си в София като стипендиант, където престоява около година. От декември 1890 година Мисирков отново е стипендиант на сръбската държава в Белград. Тук постъпва в организираното от [[Сръбска пропаганда в Македония|сръбската пропаганда]] Богословско училище, поставящо си за цел да подготви свещеници и учители за [[Македония (област)|Македония]]. Поради [[бунт]] в училището и последвалото му разформироване, Мисирков заминава за [[Шабац]], където се записва в местната гимназия. През 1892 година се прехвърля от Шабац пак в Белград в тригодишната Учителска школа. През 1893 година със свои другари основава под въздействие на [[македонизъм|македонистичното]] учение на [[Стоян Новакович]] [[Ученическо дружество Вардар|ученическо дружество „Вардар“]] с цел поддържане на македонистки дух сред добре приетите в [[Сърбия]] ученици от [[Македония (област)|Македония]]. През 1895 Мисирков завършва Учителската школа и е назначен за учител в [[Прищина]].
