След успешното изпълнение на мисията минава на служба при митрополит [[Антим V Константинополски|Антим Кизически]]. В 1841 година митрополит Антим е избран за вселенски патриарх и Калиник е назначен за велик протосингел на патриаршията.<ref name="Μάρκου Μάρκου"/>
На 15 август 1843 година е ръкоположен за [[Митилинска, Ересоска и Пломарийска епархия|митилински митрополит]], на който пост остава до март 1853 година.<ref name="Μάρκου Μάρκου"/><ref name="Ιερά Μητρόπολη Μυτιλήνης">{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://www.immyt.net/diocese/prokatoxoi_4.htm | заглавие = 1843 - 1853 ΚΑΛΛΙΝΙΚΟΣ | достъп_дата = 12 юли 2013 г | фамилно_име = Ιερά Μητρόπολη Μυτιλήνης | lang-hide = 1 | lang = el }} {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20140219042002/http://www.immyt.net/diocese/prokatoxoi_4.htm |date=2014-02-19 }}</ref> От март 1853 до 26 януари 1858 година е [[солунска епархия|солунски митрополит]].<ref name="Φιλιππαίου 529">{{Цитат периодика| last = Φιλιππαίου | first = Θεοκλήτου | authorlink = | coauthors = | year = 1960 | month =Οκτώβριος - Δεκέμβριος | title =Εκκλησίας Κωνσταντινουπόλεως Επισκοπαί καί Επίσκοποι (1833-1906), Γ´ | journal =Θεολογία | volume = 31 | issue = 4 | pages =529 | doi = | id = | url =http://www.ecclesia.gr/greek/press/theologia/material/1960_4_3_Filippaios3.pdf | format = | accessdate = | lang-hide = 1 | lang = el }}</ref> На 26 януари 1858 година, след смъртта на патриарх [[Йеротей II Сифниот]] е ръкоположен за александрийски патриарх.<ref>{{cite book |title= Εκκλησιαστικά η Εκκλησιαστικόν δελτίον |last= Καλλίφρονος|first= Β.Δ|year= 1867|publisher= Ανατολικού Αστέρος|location= Κωνσταντινούπολις |pages=152 - 153|url= http://books.google.bg/books?id=ezxTAAAAYAAJ&printsec=frontcover&hl=bg#v=onepage&q&f=false|accessdate=28 юли 2014 |lang-hide= 1|lang= el}}</ref> Прави неуспешни опити за единство с [[Коптска православна църква|Коптската православна църква]]. Оттегля се от поста си на патриарх по здравословни причини на 24 май 1861 година и се връща на Лесбос.<ref>{{Цитат уеб| уеб_адрес= http://www.patriarchateofalexandria.com/index.php?module=content&cid=001003&id=192&lang=en| заглавие=Kallinikos (1858-1861) |достъп_дата = 26 февруари 2019 |фамилно_име= |първо_име= |дата= |труд= |издател= Greek Orthodox Patriarchate of Alexandria and All Africa |цитат= |език= }}</ref>
Умира на 12 юли 1889 година в [[Митилини]].<ref name="Μάρκου Μάρκου"/><ref name="Ιερά Μητρόπολη Μυτιλήνης"/><ref>{{cite book |title= Ενθυμήσεις λειτουργικών βιβλίων ιερού ναού Κοιμήσεως Θεοτόκου ΄Ανω Σκοτίνας |last= Κουκουσάς|first= Βασίλειος |year= 2001 - 2002|publisher= „[[Македоника|Μακεδονικά]]“, XX, Εταιρεία Μακεδονικών Σπουδών|location= Θεσσαλονίκη |pages= 243|url= http://media.ems.gr/ekdoseis/makedonika/makedonika_33/ekd_pemk_33_Koukousas.pdf |accessdate= 24 октомври 2014 |lang-hide= 1 |lang= el }}</ref>
