След падането на Стефан Стамболов (1894) подава оставка като окръжен управител на Ловеч и се оттегля от политическия живот. Издържа семейството си с малка пенсия и дребно земеделие.
Съществува спорно мнение, че именно до Марин Поплуканов в Ловеч е адресирано критичното писмо на Левски след ареста на [[Димитър Общи]]. При копане на основи за къща на улица „Марин Поплуканов“ № 17 срещу сградата на [[Музей Васил Левски (Ловеч)]] са открити 1364 златни монети (1973). Предполага се, че са същите комитетски пари от обира в Арабаконак, които са съхранени и са стояли непипнати почти 100 години.<ref>С. М. Измит ли е позорът над поп Кръстьо</ref><ref>[http://www.168chasa.bg/Article.asp?ArticleId=1825252 www.168chasa.bg]</ref>
