През Февруари 2007 Рикелме преминава в [[Бока Хуниорс]] под наем за 1 сезон. Когато наемът му изтича, Хуан получава оферта от [[Атлетико Мадрид]], но отказва. В средата на 2008 аржентинците откупват правата на полузащитникътполузащитника. През лятото на 2010 [[Уест Хям Юнайтед]] предлагат 5 милиона за Рикелме, но от Бока отказват офертата. През август 2010 преподписва до 2014 година.<ref>[http://www.ekipnews.com/news/sport/futbol/huan_roman_rikelme_ostava_v_boka_huniors_do_2014_godina/84423/ Хуан Роман Рикелме остава в „Бока Хуниорс“ до 2014 година]{{Dead link|date=март 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> Рикелме помага на отбора да спечели купата на страната, Апертура и да достигне финал за Копа Либертадорес. След като там губят от Коринтианс, Рикелме напуска Бока. Докато е без клуб, е свързван с трансфер в Австралия, САЩ и Бразилия, но през февруари 2013 се завръща в Бока.
