Принципът на работа на троянския кон е доста прост —— след изпълнението си на даден компютър (примерът е за компютри работещи с [[Windows|MS Windows]]) той създава ключове в [[Регистър (компютър)|регистъра]], откъдето си осигурява начално стартиране още със старта на [[Операционна система|операционната система]]. След като се зареди в паметта, той действа на принципа на [[сървър]] и отваря един или повече [[Мрежов порт|портпортове]]ове, чрез които злонамерени личности чрез [[клиентска програма]] за отдалечена работа с дадения троянец биха могли да управляват заразения компютър. Клиентите често придобиват пълен контрол над компютъра и могат дори да местят [[Курсор (информатика)|курсоркурсора]]а на [[Мишка (хардуер)|мишката]] върху [[монитор]]а, както и да четат, трият, или качват файлове.
Съществуват троянци, които сами се актуализират до последна версия.