От първия си брак с Властимил Кучай, продължил от 1962 до 1972 г., има двама синовесина – Витек и Мартин, които са композитори.
ОтВ периода 1988 до– 1994 г. е жененаомъжена за германеца Георг Бургерщайн.<ref name="Hudobník" /><ref name="Брак">{{Цитат уеб |уеб_адрес=https://www.idnes.cz/revue/spolecnost/marie-rottrova-svatba-narozeniny-gala-koncert-partner-muz-milan-riha-prace-soukromi.A160815_132543_lidicky_jfk |заглавие=Marie Rottrová je vdanou paní. Svatbu se jí podařilo utajit |дата=16 август 2016 г. |достъп_дата=6 април 2021 г. |автор=Яна Фикотова |издател=www.idnes.cz |език=cs}}</ref>
От 7 юни 2016 г. е жененаомъжена за Милах Ржиха, заедно с когото преди брака съжителства над 11 години.<ref name="Брак" />
