След преврата на [[9 септември 1944]] г. е предприето изтегляне на българската администрация и представителите на [[БПЦ]]. Така през октомври в село [[Врановци]], [[Гостивар]]ско е свикан Инициативен комитет за организиране на Македонска православна църква. На 13 ноември 1944 г. след превземането от страна на Българската армия на Скопие, градът е предаден на югославските партизани и група местни свещеници се настаняват в опразнената сграда на митрополията. След края на войната и създаването на [[СР Македония]] в рамките на Югославия, на 4 март 1945 година в [[Скопие]] се състои първият църковно-народен събор, на който е взето решение за възстановяването на [[Охридска архиепископия (патриаршия)|Охридската архиепископия]], но вече като „национална“ Македонска православна църква. Това решение е представено на Архиерейския събор на Сръбската православна църква, под чиято опека се намира тогава македонското духовенство, но той категорично го отхвърля. Този отказ от страна на Сръбската патриаршия кара македонските владици да втърдят позициите си и да настояват от автокефална архиепископия бъдещата МПЦ да бъде призната за отделна [[автокефална църква]]. Това искане отново бива отхвърлено от сръбските владици. Така на 4 октомври 1958 година в [[Охрид]] е свикан втори църковно-народен събор, на който е прието предложението за възстановяване на Охридската ариепископия. За първи [[предстоятел]] на МПЦ е избран епископ [[Доситей (архиепископ)|Доситей]].
