Третия от известните видове е '''фосфорно – киселинната горивна клетка''' (Phosphoric acid fuel cell, PAFC). Електролитът в тези клетки е фосфорна киселина. Употребяват се за малки стационарни генератори. Тяхната работна ефективност е от 40 до 70 процента. Те работят при температури 300 —400 °C, т.е. при по-високи температури от клетките с полимерни мембрани (PEM), така те трябва по-дълго да се загряват (това е температура на максимална ефективност). Мощността на такива клетки нормално е до 200 kW. Правени са експерименти и с клетки до 10 MW. Този тип клетки понасят концентрации от въглероден монооксид до около 1,5%, което разширява възможността на използваните горива. Ако се използва бензин като гориво, сярата от него трябва да бъде отстранена. Необходими са платинови електроди (катализатори), а вътрешните елементи на клетката трябва да са устойчиви на киселинната корозия.
