В трети сезон Вероника и Логан са първокурсници. Има и два нови персонажиперсонажа-Стош "Пиз" Пизнарски(съквартирант на Уолъс) и Паркър Лий(съквартирантката на Мак).Вероника разследва неразкрит случай от втори сезон- изнасилена е студентка от общежитието в университета.Изнасилванията не са съвсем обикновени - момичетата са упоени,а на сутринта се събуждат с избръснати глави.Вероника смята, че в престъпленията са забъркани братствата Пи Сигма и Тета Бета.По времето на сезона Логан и Вероника се опитват да намерят себе си във връзката си - ту късат, ту се събират - но разбира се и заради проблеми най-вече свързани с изнасилвача.Докато трае голямото разследване (на изнасилванията), Вероника помага на момиче да намери изчезналия си приятел,на съквартиранта на Уолъс, защото са му откраднали вещите при нанасянето,на Мърсър Хейс с неговото незаконно казино.Мърсър е приятел на Логан.През лятото те отиват заедно в Тихуана и Мърсър подпалва хотел.Той е обвинен за изнасилванията,но Вероника го оправдава по молба на Логан.Тъй като тя се меси в случая, изнасилвачът я нарочва,но Логън я спасява. Мистерията с изнасилванията е разкрита за рекордно кратко време - нещо необичайно за сериала. Втората голяма мистерия е убийството на декан Дийн О`Дел.За неговото убийство Вероника и баща ѝ подозират както жена му,така и преподавателят ѝ по криминология от колежа Хърст(тя и преподавателят са любовници).В крайна сметка обаче става ясно, че убиецът е помощникът на преподавателя. Тази мистерия се разследва и от Кийт Марс,който става шериф заради убийството на досегашния-Дон Ламб.В края на сезона се провеждат избори за нов шериф,при които Кийт е предизвикан да се бори срещу дългогодишният си съперник детектива Вини Ван Лоу,но не става ясен изходът от този "двубой".Логан излиза с Паркър в продължение на няколко епизода,но се разделят заради любовта му към Вероника.Тя пък от своя страна започва връзка със съквартиранта на приятеля си Уолъс-Пиз. По-късно в интернет се появява порно видео,на което се виждат Вероника и Пиз,и Логан го пребива,защото мисли,че той е снимал Вероника без тя да знае.Оказва се обаче,че истинският виновник е член на местният таен клуб "Замъкът"-организация,разполагаща с много власт и пари.В края на сезона въпреки,че Логан отново е свободен, с Вероника не се събират.
