ЯМР най–общо представлява цилиндрична тръба, в която е разположен цилиндрично оформен мощен [[магнит]], има втори радиочестотен магнит и скенер приемащ информацията от процеса. Поставена е работна маса, върху която ляга пациента и плавно се плъзва вътре в скенера. Компютърната станция, която обработва получените изображения се намира в отделна стая .
Споменахме, че ЯМР не работи с [[радиация]], а с изкуствено генерирани магнитни полета. По-голямата част от човешкото тяло е отсъдържа водни молекули, съставени от два положителни водородни атома наричани още протони. Когато човек влезе в мощното [[магнитно поле]], на скенера протоните се подреждат по посока на магнитомагнитното поле, в което се намират.
Задейства се второ радиочестотно [[електомагнитноелектромагнитно поле]], което кара протоните да обсорбиратабсорбират част от неговата [[енергия]]. След като бъде изключено второто поле, протоните освобождават тази енергия под формата на радио-честотно честотиизлъчване, коитокоето биватбива засичанезасичано от скенера. Позицията на протоните може да бъде контролирана, чрез добавянето на допълнително електомагнитноелектромагнитно поле. Това позволява да се изгражда последователна редица от изображения както на цялото тяло така и на отделни негови части. Тези допълнителни полета се получават от въртящисевъртящи бубинисе бобини, които се включват и изключват, създавайки характерен шум от тропане, ясно доловим в помещението на ЯМР.
Най-важното при ЯМР, е способността му лесно да открива ракови образувания в тялото, защото изложени на електромагнитното поле, протоните в раковите тъкани изложени на радио електромагнитно поле, се връщат в равновесно състояние при различни честоти на облъчване. Това поражда ясно контрастно изображение на раковите тъкани.
