В резултат от дейността на Испанската нквизицияинквизиция е прочистена територията на държавата от неверници и еретици, като приелите мнимо вярата ги грозат най-тежки телесни наказания в съчетание с конфискация на цялото им имущество. По времето когато начело на Испанската инквизиция е Торквемада (периода от 1481 до 1498) около 8 800 души са изгорени на клада, а на близо 90 000 е конфискувано имуществоимуществото, като в съчетание с това, на избягалите близо 6 500 е наложено и църковно наказание - изгаряне на техния образ под формата на чучело или портрет. Най-големите си успехи Испанската инквизиция реализира на територията на [[Кастилска корона|Кастилската корона]] (обхващащи и освободените южни територии от [[Ал-Андалус]]). В [[Арагон]] Испанската инквизиция се натъква на препятствие следствие от по-ограниченото мавърско влияние и присъствие през предходните векове върху северните територии на Иберийския полуостров. Често инквизиторите и служителите на Испанската инквизиция стават жертва на [[престъпление|престъпления]], което наложило воденето на процеса инкогнито, т.е. всички останали с изключение на [[съдия|съдиите]] изпълнявали служебните си задължения с качулки на главите с прорези за очите с цел запазване личната им неприкосновеност от възможни репресии от страна на задържаните заподозрени и обвиняеми в случаите на оправдаване от съда или с оглед евентуално възпрепятстване и осуетяване на инквизицията посредством заплахи, шантаж и изнудвания.
За периода от установяване на инквизационната институция до управлението на [[Филип III]] ([[1609]] г.) повече от 3 милиона души напускат [[Испания]] следствие на инквизиционните процеси, като за първите 70 години населението на метрополията спада от 10 млн. на 6 млн., но основна причина за [[демография|демографския]] срив е силната изселническа вълна към новооткритите земи в [[Латинска Америка]], подвластни на Испанската корона.
