Първите дни от управлението му изглеждали успешни, защото изплатил дълговете на чичо си, раздал правосъдие и обявил всеобща религиозна толерантност, но изправен срещу необуздана аристокрация и непокорни губернатори на провинции успял да прокара само няколко реформи.
Най-важното събитие по време на управлението на Юстин II била инвазията на [[ломбардилангобарди|ломбардите]] в [[Италия]], които нападнали през [[568]] г. и само за няколко години завладели цялата страна. Вниманието на Юстин II обаче било насочено към северните и източните граници. След като отказал да плаща на [[авари|аварите]] той провел няколко неуспешни кампании срещу тях. През [[572]] г. се стигнало до война с [[Персия]]. След 2 катастрофални кампании при които [[перси|персите]] завладели [[Сирия]], Юстин II купил несигурен мир като се съгласил да плаща годишен данък. Временните пристъпи на безумие, които го обхващали го принудили да избере престолонаследник. Пренебрегвайки собствените си близки, Юстин избрал [[генерал|генерала]] [[Тиберий]] за [[кесар]] през [[декември]] [[574]] г. (по препоръка на София) след което публично абдикирал. София и [[Тиберий]] управлявали като регенти 4 години през които Юстин напълно загубил разсъдъка си.
