Климент Шапкарев е роден в [[1875]] година в [[Охрид]]. Син е на видния български етнограф и фолклорист [[Кузман Шапкарев]] и внук на [[Димитър Миладинов]]. Учи в [[Солунска българска мъжка гимназия|Солунската българска мъжка гимназия]] и членува в тайния революционен кръжок заедно с [[Гоце Делчев]] и [[Петър Васков]]. След завършването на гимназията в [[1892]] година учи биология и химия в [[Софийски университет|Софийския университет]]. Завършва в [[1898]] година и става учител в [[Самоков]], като едновременно с учителската дейност работи и като [[Погранични пунктове на ВМОРО и ВМРО|пунктов началник]] на [[ВМОРО]], като организира прехвърлянето на хора и оръжие през границата в [[Османска империя|Османската империя]]. В 1904-1905 година е учител в [[Одринска българска гимназия|Одринската българска гимназия „Д-р Петър Берон“]] и секретар на [[Одрински революционен окръг|Одринския окръжен комитет]] на ВМОРО. Делегат е на [[Рилски конгрес на ВМОРО|Рилския]] (1905) и [[Кюстендилски конгрес на ВМОРО|Кюстендилския конгрес на ВМОРО]] (1908).
Преди началото на [[Балканска война|Балканската война]] заминава от Одрин за България и се записва като доброволец в 52 пехотен полк на българската армия, с който се сражава под Одрин. За проявена храброст е награден с [[кръст за храброст|кръст]]. В [[Междусъюзническа война|Междусъюзническата война]] е в щаба на [[Македоно-одринско опълчение|Македоно-одринското опълчение]]. По време на [[Участие на България в Първата световна война|Първата световна война]] е във [[Велес]] като член на Цензурната комисия. След края на войната преподава 20 години в земеделското училище в [[Садово]].
