Първият му професионален отбор е [[Беласица (Струмица)]]. През сезон 2001/2002 преминава в италианския [[Интер]], но така и не изиграва нито една минута със синьо-черната фланелка. През следващия сезон Пандев е пратен под наем в [[Специя]], където изиграва 22 мача в [[Серия Б]] и отбелязва 4 гола. През сезон [[Италиански шампионат по футбол 2003-04|2003-04]] Интер го отстъпва на [[Анкона]]. Там в 20 мача вкарва само един гол. Това обаче не попречва на Лацио през лятото на [[2004]] г. да откупи 50% от неговите права. В първата си година в [[Рим]] вкарва само 3 гола. По това време Интер продава своите 50% от Пандев на [[Удинезе]]. През сезон [[Италиански шампионат по футбол 2005-06|2005-06]] отново с екипа на Лацио отбелязва 11 гола в 35 мача. Това кара Лацио да откупи всичките права върху Пандев. През [[Италиански шампионат по футбол 2006-07|2006-07]] е неговия най-силен сезон. В 36 мача вкарва 11 гола, с което има голяма заслуга за класиране на Лацио в [[Шампионска лига]]. Пандев е едва втория македонец в [[Серия А]] след [[Дарко Панчев]]. Добрите му изяви със небесносинята фланелка, пък привлякоха вниманието на [[ФК Ливърпул|Ливърпул]] и [[Байерн (Мюнхен)]], които официално обявиха интерес към него.
На [[4 януари]] [[2010]] г. Горан Пандев подписва 4 годишен договор с клуба с който започва кариерата си - [[ФК Интер]].<ref>[http://inter.it/aas/news/reader?N=32980&L=en ФК Интер - официална страница]</ref>
