[[Image:StJohnCrypt.png|right|thumb|450px|План на криптата.]]
Под главния олтар на катедралата се намира подземна зала наречена Крипта на великите магистри. Изградена е още по време на строителството на църквата през ХVІXVI век. В криптата се намират тленните останки на дванадесет рицари на ордена. Единадесет от тях са първите велики магистри от малтийския период, които водят ордена от 1522 до 1623 година. Сред тях са [[Филип Вилиер дьо л'Исл-Адам]] (1522-1534), който довежда ордена в Малта през 1530 година и [[Жан дьо ла Валет]], героят от Голямата обсада, с основна заслуга за построяването на столицата Валета, носеща неговото име.<ref name="Ла Валета">{{bg икона}} http://www.journey.bg/guide/guide.php?guide=5222&&country=8>ype=6&page= Ла Валета – градът на рицарите</ref> Тук са положени и останките на великия магистър Жан дьо ла Касиер, който възлага построяването на храма. Единственият погребан в криптата, който не е бил магистър е рицарят с британски произход [[Оливър Старки]].<ref>{{en икона}} http://www.stjohnscocathedral.com/restoration/the-grand-masters-crypt.html The Crypt</ref>
