През Х — ХІXI в. Отоновата идея за имперска църква предизвиква пряк сбъсък със Светия престол, където имат надмощие представителите на клюнийското движение.
По време на Франконската династия и особено при управлението на Хайнрих ІVIV конфликтът, познат като „войни за инвеститура“, достига върхната си точка. Противник на Хайнрих ІVIV е папа [[Григорий VII]]. Като освобождава от клетва за вярност васалите на императора, папата го принуждава лично да се покае и да моли за прошка след тежък преход през Алпите до замък Каноса. Конфликтът приключва през 1122 г. с Вормския конкордат, който запазва в много орязан вид имперската църква в немските земи.
