Инквизиционният процес е трифазен - издирване, разследване (следствие) и съд. Съдията-следовател във втората фаза на процеса е различна процесуална фигура от лицето натоварено с функцията по издирването на [[ерес]]та. Първоначално процедурата се прилага от църковните съдилища, а сетне - и от светските.
Първоначално процедурата на инквизационния процес, базирана на [[римско право|римското право]], се използва за разследване на случаите на [[ерес]] по [[донос]] - главно срещу [[марани]]те, а в последствиевпоследствие процесът започва и въз основа на слух или мълва сред народа. Правото на наказателно преследване принадлежи на държавата, а не на църквата, която е задължена да извършва издирването на ерес, дори и ако обстоятелствата не го изискват. Заподозреният и съответно обвиняемият могат да упражняват процесуалните си права само до степен, която им се предоставя от издирващия или съдията-следовател. Предварителното проучване и разследването не са ограничени с процедурни срокове. Съдията-следовател приключва разследването след като установи, че въз основа на материалите по делото е достигнал до [[истина]]та, т.е. материалите, заедно с доказателствата по делото са достатъчни за постановяването на [[присъда]] с цел постигането на [[Цели на наказанието|целите на наказанието]], или когато е направил всичко възможно, за да може да се съберат достатъчни и годни доказателства за излизането от съда на инквизицията с присъда. Решението на съда на инквизицията - трибунала, се основава на оценка на резултатите от съдебното следствие. Трибуналът при определяне на формалната сила на доказателствата се ръководи от установените правила на закона. В инквизиционния процес, съдията-следовател има почти неограничена власт и права за събиране на необходимите сведения и съответно за събирането на доказателства за разкриването на обективната истина. Обвиняемият се явява обект на разследваща го дейност в инквизиционния процес.
Инквизиционният процес е таен, непряк и писмен, но състезателен, като делата се решават въз основа на писмените показания пред предварителното производство, често в отсъствието на обвиняемия. Масово се прилага метода за изтръгване на [[самопризнание]] от обвиняемия чрез изтезания, а в някои случаи на изтезания са подлагани и [[свидетел]]и.
