Първото изографисване е извършено в началото на XIII в. От него са оцелели изписаните в медалиони образи на св. Гурий, Самон и Авив.
Мащабно обновление на стенописната украса в наоса и притвора на храма е извършено в средата на [[XVI]] в. По това време, той вече изпълнява функцията на митрополитска катедрацърква. От това време в [[олтар]]ната конха са оцелели фрагменти от сцената Евхаристия, цикъла на т.н. утринни неделни евангелия, образите на църковните отци – св. Григорий Богослов, Йоан Милостиви, Герман Велики и др. Върху северната част на източната стена е стенописана сцената “Христос в гроба”.От първия регистър върху южната стена е запазена композицията “Дейсис”, изображения на теолози и отшелници – Герасим, Харитон, Варлаам, Йоасаф, Йоаникий. В този регистър на северната стена са образите на пустиножителите Павел Тивейски, Пахомий с ангела и Онуфрий. Върху стълбовете, отделящи наоса от притвора са представени изображенията на най-почитания български светец св. Иван Рилски, патроните на храма св. Петър и Павел, Христос Богоносец, архангел Михаил и архангел Гавраил. Междуарковите пространства са заети от генеалогичното дърво на Христовия род – Древо Йесеево, и медалионни с изображения на светците Борис и Глеб. На западната стена над образите на св. Йосиф песнопевец и св. Козма Творец е разположена сцената “Успение на Св. Богородица”. В притвора на храма е запазен фрагмент от изображението на Шестия Вселенски събор, проведен в Константинопол през 680–681 г.
Стенописната украса в галерията е изпълнена в последните две десетилетия на [[XVII]] в. Върху северната и стена могат да бъдат видени части от стенописен календар (Менелог) за месеците септември, ноември, декември, януари и февруари.
