Теодора е племенница на византийския император [[Мануил I Комнин]], но точни сведения за родителите ѝ няма. Като много свои братовчедки, омъжени за редица чужди владетели, и Теодора е използвана от императора за уреждане на външнополитическите отношения на империята.
През 1148 г. Теодора е омъжена за австрисйия херцог Хайнрих II Язомиргот, който взема участие ввъв Втория кръстоносен поход и на път за светите земи преминава през Византия. Не е изключено чрез този брак император Мануил I да цели да се подсигури срещу унгарците, които са съперници на Австрия в областта на средния Дунав и на Византия в областта на Белград. Известно е, че през 1147 г. Хайнрих II разбива унгарските войски в битка при Лейта. Освен това сродяването на Мануил I и Ханрих II улеснява диалога между византийския император и германския император [[Фридрих I Барбароса]], с когото Хайнрих се намира в близки отношения. [[Картинка:Gertrud und Theodora Komnena.PNG|thumb|250п|Двете съпруги на Хайнрих II:Гертруда и Теодора Комнина. (Детайл от родословното дърво на Бабенбергите в Клостернойбургското абатство в Долна Австрия.)]] Така през 1166 г. Фридрих I изпраща Хайнрих II да преговаря от негово име с византийския император във връзка с похода на германския император в Италия.
