Сюжетът на играта върви по сюжета на Сагатасагата. Играчът има възможност да управлява както клонингови войници, така и техните водачи — майсторите — джедаи. "Conquest"-а започва с битката при [[Джеонозис]], където водач е [[Мейс Уинду]]. Следват битките при Маджито (Ки-Ади Мунди), Фелучия (Айла Секура), Утапау ([[Оби-Уан Кеноби]]), [[Корусант]] ([[Анакин Скайуокър]]), Хот ([[Дарт Вейдър]]) и т.н. След като конкуестът се приключи, играчът има възможност да води отделни битки на планети, които той си избира, като избира и страната, на която ще се сражава — Галактическата търговска федерация или Републиката, Империята или Бунтът. Такива планети са [[Дегоба]] (с водач [[Йода]]), [[Ендор]] ([[Хан Соло]]) и др.