Най-интересни са птиците на езерото и крайбрежието,където до сегадосега са установени над 250 вида. От тях като световно застрашени са малкият корморан (1200 екз.), къдроглавия пеликан (338 екз.), червеногушата гъска (16 870 екз), тръноопашатата потапница (311 екз.), ливадния дърдарец (до 10 екз.). Най-значимото място за гнездене на птиците е "[[Пода (Бургас)|Пода]]", крайбрежните ливади, пясъчните брегове-за синявицата, пчелояда, червения ангъч и др. Зимните концентрации на кафявоглавата и качулатата потапници - съответно 17 000 екз. и до 13 000 екз., на пойния лебед (300 екз.) и малкия лебед (80 екз.) са най-високи за страната и на второ място по отношение на голямата белочела гъска (61 000 екз.) и червеногушата (до 17 000 през 1997 г.).Поради този факт Мандра е Орнитологично важно място с Европейска значимост.От бозайниците в района са най-добре запазени популациите на видрата и белката. Друга ценност на езерото са рибните му запаси и водоплаващият дивеч. Общо в езерото са установени 5 вида риби от Червената книга на България.
Мандренското езеро съхранява големи количества сладка вода, която е все по-рядък природен ресурс. Тя се използва за производствени цели от Нефтохим – Бургас.
