Алкалоидите обикновно се класифицират въз основа на общ [[прекурсор]] в [[метаболитнаметаболитен пътекапът|метаболитния път]] по който се синтезират. Когато не се знае много за биосинтезата на конкретен алкалоид, той се групира въз основа на структурата си, към сходни съединения, понякога дори несъдържащи азотен атом. Когато се узнае повече за начина на получаване в продуциращия го [[организъм]], мястото на алкалоида в класификацията може да се смени, но в този случай отново ще отразява някоя важна страна от биосинтетичния процес - например участие на определен биологично активен амин.
