Най-характерното за водите на езерото е, че те са силно алкални със стойности на [[Водороден показател|водородния показател]] рН до 11.<ref name="Conference"/> По време на сухия сезон при бързото [[изпарение]] и намаления приток на вода, езерото губи около 80% от площта си, а освободените земи се покриват с пластове засъхнали сол и калцинирана сода. Водите му са различно оцветени в различните му части и в отделните периоди на деня – преминават от бяло през бледорозово и алено до кобалтовосиньо и индигово.<ref name="ЕК"/>
По бреговете на Магади извират многобройни както студени пресноводни, така и горещи солени минерални извори, които стичайки се през спечената земя се вливат в езерото.<ref name="Britannica"/> Те имат някакъв геотермиченгеотермален потенциал, който все още не е добре изследван.<ref name="Atmaoui"/> Тези от тях, които са богати на калцинирана сода, оцветяват крайбрежните води в светло розово.<ref name="Britannica"/> Преобладаващите високи температури способстват бързото изпарение на водите им по пътя към езерото и той е маркиран от широки бели "пътеки" от сол. Дебелите пластове сода придават на околния пейзаж странен "лунен" вид.<ref name="LMK"/> Натриевият карбонат се утаява в огромни количества по дъното му във вид на твърди [[кристал]]и от минерала трона (египетска сол), като на някои места дебелината на слоя достига до 40 метра.<ref name="ЕК"/><ref name="Imagine">[http://www.imagineafrica.co.uk/Kenya/Rift_Valley_Lakes/Lake_Magadi/ Imagine Africa/Lake Magadi]</ref> Видът на трона варира от хрупкави [[Люспа|люспи]] до иглести кристали с дължина 3 sm.<ref name="ND"/> Готварската сол представлява около 30-35% от разтворените във водата вещества, а почти цялата останала част се пада на калцинираната сода (Na<sub>2</sub>CO<sub>3</sub>).<ref name="Hydro">[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0016703777901867 ScienceDirect/Hydrochemistry of the Lake Magadi basin, Kenya]</ref> Откриват се минимални количества на натриев флуорид (до 4,0 mg/g), чието присъствие се дължи на високото съдържание на флуориди в околните вулканични скали.<ref name="ND"/><ref name="Tata">[http://www.tatachemicals.com/magadi/our_company/lake_magadi_facility.html Tata Chemicals Magadi/Lake Magadi facility]</ref> Концентрацията на солите във водата варира от по-малко от 0,1 g/kg в [[Устие|устията]] на сладководните потоци до над 300 g/kg разтвор в централните части на езерото.<ref name="Hydro"/>
[[Файл:Pink Magadi.jpg|мини|380п|ляво|Розовите води на езерото Магади]]
На дъното на езерото са открити два неизвестни до този момент натриево-силикатни минерала – [[магадиит]] (NaSi<sub>7</sub>O<sub>13</sub>(OH)<sub>3</sub>.3H<sub>2</sub>O) и [[кенияит]] (NaSi<sub>11</sub>O<sub>2</sub>.0,5(OH)<sub>4</sub>.3H<sub>2</sub>O). И двата са добре кристализирали слоести силикати, като конкрециите в находището от магадиит съдържат кенияит или [[кварц]], подобен на [[кремък]] в центъра, заобиколен от кенияит.<ref name="Chert">[http://www.sciencemag.org/content/157/3793/1177.abstract Hydrous Sodium Silicates from Lake Magadi, Kenya: Precursors of Bedded Chert]</ref>
