През януари 1923 година легалната МЕФО се влива в Съюза на македонските братства, като печатните им органи „[[Автономна Македония (1920 - 1923)|Автономна Македония]]“ и „[[Македония (1919 - 1923)|Македония]]“ се сливат и създават „[[Независима Македония (1923 - 1926)|Независима Македония]]“. Впоследствие федералистите основават нов вестник „[[Македонско съзнание]]“, издаван в [[Белград]] и поддържащ [[Балканска федеративна република|проюгославски]] позиции.
От друга страна [[Тодор Паница]] се отцепва и основава собствена МФО, като през 1924 година се сближава с автономистите, и заедно взиматс тях взима участие в създаванетоизготвянето на [[Майски манифест|Майския манифест]] на ВМРО. През 1925 година под ръководството на Тодор Паница и със съдействието на Гърция и Кралска Югославия в трите дяла на Македония действат федеративни чети, чиято цел е да унищожат ВМРО. ВМРО обезкървавява федералистите като прочиства Пиринска Македония от тях (вижте [[Дъбнишка акция на ВМРО]]), а [[Менча Кърничева]] убива водачът им Тодор Паница. В отговор Гърция и Кралска Югославия създават паравоенните организации [[Гръцки македонски юмрук]] и [[Сдружение против българските бандити]] за борба с ВМРО<ref>„Националноосвободителната борба в Македония, 1919 - 1941 г.“, Колектив, Македонския Научен Институт, София, 2002 г. [http://www.promacedonia.org/mni/mni4_3.html]</ref>.
ЧастМеждувременно, част от дейците на МФО се присъединяват към [[Българска комунистическа партия|Българската комунистическа партия]], а след създаването на [[ВМРО (обединена)]] през 1925 година, МФО практически престава да съществува.
