Векове по-късно след падането на Първото българско царство, както свидетелства „Готският топарх” - летопис от 1002 г., българите в тези земи отстояват независимостта си и не са подчинени от [[Византия]]. В тази епоха следват нападенията на [[маджари]]те, на киевския княз [[Светослав I]], на [[печенеги]] и [[кумани]]. С възстановяването на [[Втора българска държава|Българското царство]] областта отново е част от него.
В [[1241]] г. татарите на [[хан Бату]] я откъсват от Търново и установяват господството на [[Златна орда|Златната орда]] тук. {{факт|След около 60 години те дават на българският [[цар]] [[Тодор Светослав]] да управлява земите северно от [[Дунав]]ската делта до [[Днестър]] включително гр. [[Белгород Днестровски]].|2012|10|17}} Към 1345 г. [[Унгария]] разбива татарите и завладява тези земи. За пръв войвода, който да управлява новообразуваното Молдовско княжество и като наместник на унгарският крал Людовик I Велики е изпратен '''Драгош Войдода''', болярин на карпатското княжество Велики Муреш (Марамарош). В Карпатите от Велики Муреш идва войводата '''[[Богдан I]]''' - основателят в 1359 г. на независимото княжество в дн. Молдова. По него областта столетия е известна като '''Богданско'''. В [[1365]] г. Унгарският крал признава независимостта на княжеството със столица крепостта Бая на река Шуговица, впоследствие Сирет при сливането на реките Тиса и Муреш. Той емитира първите монети на княжеството. Надписа върху тях е: ''Moneda Moldaviae-Bogdan Waiwo(da)''. Към 1373 г., при наследника на Богдан І - войводата Владислав (Лацко), княжеството се сдобива и със свой православен епископ, който резидира в гр. [[Белгород Днестровски|Белград на Днестър]]. [[старобългарски език|Старобългарският]] е официалният църковен език. До края на самостоятелния живот на кяжеството азбуката е [[кирилица]]та. По политически съоръжения в новообразуваната в 1859 г. румънска държава тя започва да се заменя с латиница към 1865 г. До тогава в румънския език думите с латински произход са едва около 20%, но и до днес в сепаратисткия приднестровски край на страната латиницата не е наложена. В [[1395]] г., Молдовското княжество попада под върховенството на [[Полша|полската корона]] в полско-литовската държава [[Жечпосполита]]. От 1420 [[турци]]те започват завоюването на княжеството. В [[1456]] г. то се подчинява като [[васал]] на турците и започва да плаща годишен данък. В 1484 г. пада [[Буджак|Молдовското черноморското крайбрежие]] с крепостите [[Белгород Днестровски|Белград Днестровски]] и [[Килия]]. В 1503 цяла [[Бесарабия]] е предадена под турска власт. В [[1538]] г. княжеството окончателно е окупирано от турските войски и Султана започна да назначава новия княз. Тогава е отнета [[Тигина]] и приднестровския район става турски санджак ''Бендери''. Султанът титулува управляващите князе ''"Каймакан на Молдова"''. Турците все пак не преврърщат цяла Молдова в санджак и някаква автономия оцелява, така в княжеството често успяват да се месят съседните християнски страни.<br />
Земите на Молдова стават убежище за многобройни маси българи. От просветителите с високи духовни санове и техните спътници спасили се от [[Търново]] след завладяването му от турците, през изселническите вълни от Одринска Тракия и цяла България през [[руско-турски войни|руско-турските войни]], до дейците на стопанският напредък, просветата и националната революция в епохата на [[Българско Възраждане|Българското Възраждане]]. В 1812 - 1819 г. внука на [[Софроний Врачански]] - [[Стефан Богориди]] е назначен от султанският наместник за губернатор на [[Галац]]. В 1821 г. Султанът назначава Богориди за княз на [[Влашко]], а 1822 - 1823 г. той е княз на Молдова. Като висш османски велможа в Царигад Богориди способства за прилагането на аграрната раформа даваща право на българите в империята да получат земя след потушаването на Видинското въстание от 1851 г., подпомага обучението на български студенти, дарява къщата си в цариградския квартал [[Фенер (квартал)|Фенер]] за построяването на [[Свети Стефан (Цариград)|църква]] за българската екзархия.
