Завършва [[право]] и [[дипломация]] в [[Лвов]] през 1935 г. След избухването на [[Втората световна война]] попада за кратко в съветски плен. Успява да избяга от военнопленическия лагер и постъпва в редовете на Армия Крайова. Езиковите му умения го правят изключително ценен за полската съпротива и той е използван като куриер между полското изгнаническо правителство в [[Лондон]] и Армия Крайова.
Известната историческа мисия на Карски е планирана и подготвена от антинацисткото движение в окупирана Европа със своята собствена армия, съд, училища и вестницинелегалното и Нелегалното правителствоПравителство на Полша в емиграция в Лондон. Само на 28 години, Карски е избран за тази необикновена, трудна и опасна задача заради проверените му човешки качества, образованието и стажа му на дипломат, перфектното владеене на английски, немски и френски език, както и заради фотографската му памет. Първоначално той рисковано събира информация на територията на Полша, като успява да проникне два пъти във Варшавското гето, както и под прикритие в Преходния лагер в Избица, от който еверите са транспортирани в лагерите на смъртта. Той лично се убеждава в нацистката практика на [[Холокост|геноцид]] спрямо евреите и е първият, който събира критичен обем факти за Холокоста. На тази основа в периода 1942-1943 г. информира първо полското правителство в [[Лондон]] за факта и практиките на Холокостанацисткия геноцид над евреите, протичащ по това време главно на полска територия. През 1942 под псевдонима Ян Карски, който оттук нататък използва постоянно, заминава на поредната си мисия в [[Съединени американски щати|САЩ]] и [[Великобритания]]. Една от основните му задачи е да информира правителствата на съюзниците за трагичното положение на еврейското население под германска окупация и, по-важното, за целенсочената системност в избиването на [[евреи]] в [[Полша]]. През юли 1943 г. Карски се среща с американския президент [[Франклин Делано Рузвелт|Рузвелт]], когото информира за положението в окупираната от нацистите Полша.
Описаните от Карски факти са възприети като преувеличени с подозрението, че са политически повлияни от полското правителство в емиграция.
