На върха на славата си и научната си кариера, той неочаквано се намира в незавидна позиция., обвинен за “държавни космически тайни, изтичащи към чужди космически програми”. [[Политбюро на ЦК на БКП]] освобождава Кирил Серафимов от всички държавни, научни и обществени длъжности, заемани от него. Това обаче не пречи на международните научни среди и космически институти да продължат да поддържат професионален контакт с българския учен. [[Димитър Мишев (инженер)|Димитър Мишев]] се опитва да защити Серафимов, като спешно заема всички административни позиции, от които той е изхвърлен под .<ref>[www.pueron.org/pueron/mladiisvobodni/AkademikSerafimov.doc|Подозират бащата на BG космонавтиката, че работел за НАСА], Валентин Бояджиев, Вестник Уикенд, 20-26 януари 2007г., стр. 49</ref>
</ref>
През [[2004]] г. за приноса си към областта на комическите изследвания В България посмъртно е награден с [[Стара планина (орден)|орден “Стара планина”]]. <ref>[http://www.president.bg/news.php?id=1305 Президентът отличи космонавти и учени във връзка с 25-та годишнина от полета на първия българин в космоса]</ref>
