[[Картинка:Bofboshevo.1.JPG|мини|дясно|260 п| Изглед към Бобошево.]]
За първи път селището се споменава с днешното си име в един [[дефтер]] от 28.03.1526 г. по времето на султан [[Сюлейман I (Османска империя)|Сюлейман ІI]] (1520-66). Става въпрос за имоти на Рилския манастир, между които е изброено и едно лозе в Бобошево. В друг османски регистър от 1573 г. Бобошево се споменава, като частно владение, мюлк, на [[Есмихан Султан]], дъщеря на султан [[Селим II]] (1566—74) и жена на великия везир [[Мехмед паша - Соколлу]]. Всъщност това е подробен описен дефтер за [[Кюстендилски санджак|Кюстендилския санджак]] от 1570 г. В него се казва, че селата Бобошево и Илковци се дават като мюлк на „Нейно величество Есмихан Султан", като населението се освобождава от плащането на някои данъци и повинности, а също така и от събирането на момчета за [[еничар]]и. В тези селища се забранява и достъпът на държавни чиновници. Дефтерът за тази година регистрира в Бобошево 330 домакинства и споменава плащането на пазарна такса, което показва, че там е имало тържище.
Надарено с такива важни привилегии, населението не било обезпокоявано от никого и продължило да живее и се развива сравнително свободно, както и по-рано.
