През 1903 идва идеята за спортен клуб във фирмата за лекарства Байер установена в града. Тя е реализирана едва година по-късно, а футболната секция е основана чак през 1907 г. През 1928 г. футболистите от спортния клуб основават ''ШФ Байер 04 Леверкузен'' като новият клуб взима цветовете на стария - черно и червено. През 30-те клубът играе в четвърта и третадивизия, а през 1936 г. печели промоция за втора дивизия. Всъщата година се появява добре познатия '''"Байер"''' кръст на герба на клуба. Първото участие на знаменития отбор в най-горна дивизия е през 1951 г. и играят там до 1956 г. след тези успехи отборът изпада с две дивизии и остава във втората полувинаполовина на таблицата. През 1968 г. ''Фирмения Клуб'' печели промоция за второто ниво на Бундеслигата, но така и не успява да влезе в Бундеслигата и отново изпада, но за кратко като през 1973 отново влизат във втория ешелон вече наричащ се Втора Бундеслига. Леверкузен влиза в Първа Бундеслига за първи път през сезон 1979-1980. В средата на 80-те отборът вече се е установил в първата полувина на таблицата и е един от постояните в Лигата, а през 1984 г. двата спортни клуба на Леверкузен се обединяват. Доказателство за установяването си в Бундеслигата е спечелената от отбора Купа на УЕФА през 1988 след драматични два финала и победа след дузпи над [[Еспаньол]]. През същата година Райнард Калмунд става старши треньор на клуба като това е едно от знаковите събития за отбора от Леверкузен. Под ръководството на Калмунд са спечелени полувината от големите успехи на отбора. След обединението на двете Германий в отбора са привлечени много от звездите на Източна Германия, а треньорът се сприятелява с един от най-добрите бразилски менидзъри, което води до идването на много от бразилските звезди на БайАрена. Привличат се и доказаните играчи Руди Фьолер и Бернд Шустер. Тези действия са неизбежно последвани от големи успехи за клуб като Байер печелейки Купата на Германия. През 1996 г. клубът замалко не изпада, но по-късно се стабилизира и под ръководството на Кристоф Даум и звезди като [[Михаел Балак]], [[Емерсон]] и [[Зе Роберто]] клубът отново става фактор в първенството. В периода между 1997 и 2002 клубът завършва винаги в челната четворка на Лигата. 2002 г. е знакова за отбора от Рур. През сезон 2001-2002 Байер за пореден път участва в Шампионската Лига, като този път достига до финала, но е победен трудно от [[Реал Мадрид]] след инфарктни миинути и невероятен гол на [[Зинедин Зидан]]. През този сезон в първенството на страната клубът е на крачка от шампионска титла, но шампионатът е решен в последния кръг в полза на [[Борусия Дортмунд]]. През същия сезон ''Фирмения клуб'' губи и финал за Купата на Германия и така се превръща в големия губещ, след като изпуска и трите трофея, за които се бори до последно. От този сезон отборът започва бавен спад в нивото си и след неуспешни участия в Шампионската Лига продава звезди като [[Димитър Бербатов]] и [[Михаел Балак]]. Отборът постепенно се утвърждава като средняк в Бундеслигата и редовен участник в Купата на УЕФА. След колебливо предстаавяне в първото десетилетие на XX в, през сезон 2010-2011 тимът отново стига до сребърните медали в Бундеслигата, като бива изпреварен единствено от категоричния отбор на 'Боруия Дортмунд', който завоюва титлата предсрочно.
