Толдо започва да тренира в школата на [[Милан]], но няма записан нито един официален мач за италианския гранд. Той е предостъпван на по- малки кубове като Тренто и Равена от 1991 г. до 1993 г. След това Франческо се премества във Фиорентина, където изгрява неговата звезда, като в продълйениепродължение на осем сезона той е първи избор за вратарския пост на "Виолата". С "виолетовите" от [[Флоренция]] Толдо печели две купи на Италия и играе в [[Шампионската лига]]. Вратарят се мести в Интер през 2001 г., само една година преди Фиорентина да изпадне в банкрут. В отбора от Милано Толдо е титуляр до лятото на 2005 г., когато в отбора е привлечен бразилеца [[Жулио Сезар]]. Този трансфер заедно с решението на родения в Падуа вратар да изпусне лятното турне на Интер в Англия означават дълго застояване на Франческо на резервната скамейка. Но силния на характер на Толдо му помагат в тази ситуация, като той си възвръща титулярното място в отбора през [[февруари]] [[2006]] г., като също така подписва удължение на контракта си с "нерадзурите" до лятото на 2009 г.Въпреки това,Жулио Сезар става неизменен титуляр на вратата на Интер.През 2010 слага край на кариерата си.
