От лятото на 1945 г. е лидер на [[Български земеделски народен съюз - Никола Петков|Българския земеделски народен съюз – Никола Петков]] и Обединената опозиция (антикомунистическа опозиция). От 26 октомври 1946 г. е народен представител в [[6 Велико Народно събрание|VI Велико Народно събрание]] (1946-1949).
Борбата му за запазване на парламентарната [[демокрация]] е обявена от [[комунист]]ите за контрареволюционна дейност. На [[24 април]] [[1947]] г. ревностният защитник на земеделската кауза Мейнард Барнс е отзован от София, а след по-малко от седмица е спрян в. “Народно„Народно земеделско знаме”знаме“. На [[5 юни]][[1947]] г. американският сенат ратифицира подписания на [[5 февруари]] същата година мирен договор с България, което е първата стъпка към признаването на тоталитарния режим на Г. Димитров от страна на САЩ. Същият ден е снет депутатският имунитет на Никола Петков и още в сградата на Народното събрание е арестуван, при което заявява: „Имам честта и щастието да последвам съдбата на своя баща и своя брат – да дам свободата си, а ако е необходимо и живота си за свободата на българския народ“.<ref name="недев">{{cite book | last = Недев | first = Недю | authorlink = Недю Недев | year = 2007 | title = Три държавни преврата или Кимон Георгиев и неговото време | publisher = „Сиела“ | location = София | pages = 767-768 | isbn = 978-954-28-0163-4}}</ref> Освен това са касирани 23 депутата от опозицията, с което на практика представителството на опозицията в законодателната власт е разгромено. <ref>Фол, Ал. и др., Кратка история на България, Издателство „Наука и изкуство“, София, 1981 </ref> На [[5 август]] същата година започва режисиран съдебен процес с измислени обвинения срещу него и на [[16 август]] е осъден на смърт чрез обесване по обвинение в шпионаж.
На [[19 септември]] Държавният департамент на САЩ информира София, че предстои дипломатическо признаване на Димитровия режим – 72 часа по-късно Никола Петков жестоко е убит ,<ref>Христо Попов, [http://www.faktor.bg/poltika/na-vseki-kilometar/2428-skapanata-politicheska-klasa-zabravi-ubiistvoto-na-nikola-petkov.html Скапаната политическа класа забрави убийството на Никола Петков], 23 Септемврисептември 2012</ref> като продължава да настоява за отмяната на смъртната присъда на Никола Петков.<ref name="недев"/> Георги Димитров смята подобна стъпка за опасна проява на слабост от страна на режима и, след като получава одобрението на Сталин, настоява за бързо изпълнение на присъдата.<ref name="недев"/>
На [[23 септември]] [[1947]] г., въпреки протестите на западната общественост, смъртната присъда на Никола Петков е изпълнена, гробът му е неизвестен. Реабилитиран посмъртно на [[15 януари]] [[1990]] г.
