Йохан се жени на 1 март 1500 г. в Торгау за Софи[[София от Мекленбург (1481–15031481 – 1503)|София от Мекленбург]] (1481 – 1503), дъщеря на херцог [[Магнус II (Мекленбург)|Магнус II]] от Мекленбург. Двамата имат един син:
* [[Йохан Фридрих I (Саксония)|Йохан Фридрих I ''Великодушния'']] (1503–15541503 – 1554), курфюрст на Саксония, ∞ 1527 г. в Торгау за принцеса Сибила (1512–15541512 – 1554), дъщеря на херцог [[Йохан (Юлих-Клеве-Берг)|Йохан III]] от [[Юлих-Клеве-Берг]].
На 13 ноември 1513 г. Йохан се жени в Торгау втори път за МаргаретеМаргарета от Анхалт (1494–15211494 – 1521), дъщеря на княз [[Валдемар VI (Анхалт-Кьотен)|Валдемар VI]] от Анхалт-Кьотен]], с която има децата:
* Мария (1515–15831515 – 1583), ∞ 1536 херцог [[Филип I (Померания)|Филип I]] от Померания (1515–15601515 – 1560)
* Маргарета (1518 – 1535)
* Маргарете (1518–1535)
* Йохан (II) (*/† 1519)
* [[Йохан Ернст (Саксония-Кобург)|Йохан Ернст от Кобург]] (1521–15531521 – 1553), херцог на Саксония-Кобург, ∞ 1542 принцеса Катарина от Брауншвайг-Грубенхаген (1524–15811524 – 1581)
