Вилхелм III се жени на 5 ноември 1469 г. във [[Волфенбютел]] за херцогиня [[Маргарета фон [[Княжество Брауншвайг-Волфенбютел (1451–1509)|Маргарета фон Брауншвайг-Волфенбютел]] (* 1451; † 13 февруари 1509), дъщеря на княз [[Хайнрих II (Брауншвайг)|Хайнрих II фон Брауншвайг-Волфенбютел]] от род [[Велфи]] (1411 – 1473) и на [[Хелена фон [[Херцогство Клеве|Клеве]] (1423 – 1471), дъщеря на херцог [[Адолф II (Клеве-Марк)|Адолф II]].<ref>Franziskus Lubecus, Reinhard Vogelsang: ''Göttinger Annalen. Von den Anfängen bis zum Jahr 1588.'' (=''Quellen zur Geschichte der Stadt Göttingen'' Band 1), Wallstein Verlag, 1994, ISBN 3892440883, S. 224.</ref> Те имат децата:<ref>[http://geneall.net/de/name/136574/wilhelm-iv-graf-von-henneberg-schleusingen/ Wilhelm IV, Graf von Henneberg-Schleusingen], geneall.net</ref>
* Волфганг I (* 1470; † 27 декември 1484)
* Хелена (* 1 септември 1473; † 1475)
* Вилхелм V (* 1474; † 29 септември 1474)
* Катарина (* 1475; † 14 октомври 1484 в манастир Велтингероде)
* Маргарета (* ок. 1475; † 20 февруари 1510 в манастир Алтенберг), ⚭ омъжена на 4 ноември 1492 г. за [[Бернхард III (Золмс-Браунфелс)|Бернхард III фон Золмс-Браунфелс]], господар на Мюнценберг, императорски съветник (* 1 август 1468; † 3 март 1547; в манастир Алтенберг), син на граф [[Ото II (Золмс-Браунфелс)|Ото II фон СолмсЗолмс-Браунфелс]] (1426 – 1504) и на [[Анна фон Насау-Визбаден]] († 1480)
* [[Вилхелм IV (Хенеберг-Шлойзинген)|Вилхелм IV (VI)]] (* 29 януари 1478; † 24 януари 1559), женен през февруари 1500 г. за маркграфиня [[Анастасия фон Бранденбург]] (1478 – 1557)
