Роден е с фамилията '''Вафидис''' (''Βαφείδης'') в 1847 г.<ref name="Anemi"/> в семейството на Йоан и Томаида Вафидис, гърци от [[Лозенград]]. Брат е на [[Филарет Вафидис]].<ref>{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://1dim-didym.evr.sch.gr/autosch/joomla15/index.php/component/content/article/259-2012-10-08-15-47-33.html | заглавие = Ο μητροπολίτης του Οικουμενικού Πατριαρχείου Φιλάρετος Βαφείδης και η εποχή του (1850-1933) | достъп_дата = 4 декември 2013 г | фамилно_име = | първо_име = | дата = | труд = | издател = 1ο Δημοτικό Σχολείο Διδυμοτείχου | език = | цитат = }}</ref> В 1868 година завършва [[Халкинска семинария|богословското училище на Халки]] и след това учи четири години в [[Киевска духовна академия|Киевската духовна академия]]. От 1872 до 1878 преподава на Халки догматично богословие и църковнославянски език.<ref>{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://www.impringiponnison.org/mitropolis_koinotites_xalki1.htm | заглавие = Ἡ ἱερὰ μονὴ τῆς Ἁγίας Τριάδος | достъп_дата = 4 декември 2013 г | фамилно_име = | първо_име = | дата = | труд = | издател = Η Ιερά Μητρόπολις Πριγκηποννήσων| език = | цитат = }}</ref><ref name="Ιερά Μητρόπολις Νικοπόλεως και Πρεβέζης"/> От 1885 до 1888 година е [[Маронийска и Гюмюрджинска епархия|маронийски митрополит]].<ref>{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://www.paratiritis-news.gr/detailed_article.php?id=147823&categoryid=11 | заглавие = Φιλογενείς και μεγάτιμοι ευεργέτες του Ν. Ροδόπης| достъп_дата = 4 декември 2013 г | фамилно_име = Σιδηράς | първо_име = Ιωάννης Ελ | дата =30-09-2011 | труд = Παρατηρητής Της Θράκης - OnLine| издател = | език = | цитат = }}</ref> Заема [[Серска и Нигритска епархия|митрополитския престол]] в [[Сяр]] от 1888 до 1892 година.<ref>{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://www.imsn.gr/mitropoli/istoria/mhtropolites | заглавие = Μητροπολίτες | достъп_дата = 3 декември 2013 г | фамилно_име = | първо_име = | дата = | труд = | издател = Ιερά Μητρόπολη Σερρών και Νιγρίτης | език = | цитат = }}</ref>
На 2 януари 1892 година става митрополит на [[Никополска и Превезка епархия|Никополската и Превезка епархия]].<ref name="Ιερά Μητρόπολις Νικοπόλεως και Πρεβέζης">{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://imnp.gr/%CE%BA%CF%89%CE%BD%CF%83%CF%84%CE%B1%CE%BD%CF%84%CE%AF%CE%BD%CE%BF%CF%82 | заглавие = Ε. Μητροπολίτης Κων/νος(1892-1896) | достъп_дата = 2014-08-31 | фамилно_име = | първо_име = | дата = | труд = | издател = Ιερά Μητρόπολις Νικοπόλεως και Πρεβέζης | език = | цитат = }}</ref>
От 1896 до смъртта си в 1899 година е [[Димотишка, Орестиадска и Софлийска епархия|димотишки митрополит]].<ref>{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://www.imdos.gr/sample-page/%CE%B9%CF%83%CF%84%CE%BF%CF%81%CE%B9%CE%BA%CF%8C/ | заглавие = ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΗΣ ΙΕΡΑΣ ΜΗΤΡΟΠΟΛΕΩΣ ΔΙΔΥΜΟΤΕΙΧΟΥ, ΟΡΕΣΤΙΑΔΟΣ ΚΑΙ ΣΟΥΦΛΙΟΥ | достъп_дата = 4 декември 2013 г | фамилно_име = | първо_име = | дата = | труд = | издател = Ιερά Μητρόπολη Διδυμοτείχου, Ορεστιάδος και Σουφλίου | език = | цитат = }}</ref><ref name="Anemi">{{Цитат уеб | уеб_адрес = http://anemi.lib.uoc.gr/search/?store_query=1&display_mode=overview&search_help=list&show_form=%27%27&dtab=m&search_type=simple&search_help=detail&display_mode=detail&wf_step=init&show_hidden=0&number=1&keep_number=10&cclterm1=&cclterm2=&cclterm3=&cclterm4=&cclterm5=&cclterm6=&cclterm7=&cclterm8=&cclfield1=&cclfield2=&cclfield3=&cclfield4=&cclfield5=&cclfield6=&cclfield7=&cclfield8=&cclop1=&cclop2=&cclop3=&cclop4=&cclop5=&cclop6=&cclop7=&isp=&display_help=0&offset=1&search_coll%5Bmetadata%5D=1&stored_cclquery=&skin=&rss=0&show_form=&export_method=none&cclfield1=term&search_coll%5Bmetadata%5D=1&cclterm1=%CE%9A%CF%89%CE%BD%CF%83%CF%84%CE%B1%CE%BD%CF%84%CE%AF%CE%BD%CE%BF%CF%82+%CE%92%CE%B1%CF%86%CE%B5%CE%AF%CE%B4%CE%B7%CF%82| заглавие = Κωνσταντίνος Βαφείδης| достъп_дата = 4 декември 2013 г | фамилно_име = | първо_име = | дата = | труд = | издател = Anemi - Digital Library of Modern Greek Studies | език = | цитат = }}</ref>
