Алигаторите се характеризират с по-широка муцуна и с по-[[Анатомични термини за местоположение#Посоки — обща употреба|дорзално]] разположениразположеnnniii очи в сравнение с типичните [[крокодили (род)|крокодили]]. И двата съвременни вида са със сравнително тъмна окраска, често почти черна. Но окраската е силно зависима и от водата. Така например води, богати на [[водорасли]], придават зеленикаво оцветяване на алигаторите, а тези обитаващи води с висока концентрация на [[танин]] от [[гниене|гниещи]] дървета са тъмно оцветени. Сериозна отличителна черта на алигаторите е, че когато челюстите са затворени само горния ред зъби може да бъде видян, за разлика от типичните крокодили при който и горните и долни зъби са ясно забележими. Съществуват обаче отделни екземпляри алигатори с челюстни деформации, при които тази отличителна черта е трудно забележима. Очите на възрастните екземпляри отразяват светлина в червен цвят през нощта за разлика от тези на младите (зелен чвят) и това често се използва при нощен лов на алигатори.
