За първи път футбол се играе в Неврокоп през октомври 1912 г. малко след освобождаването на града от османска власт, когато военни от местния гарнизон показват пред хората от играта с футболната топка, която завладява целия свят. Жителите на Неврокоп примат ентусиазирано новата игра и не след дълго се създава футболна секция към гимнастическо дружество „Юнак“. През 1925 г. се отделя и приема името „Пирин“, който е първият отбор с името на българската планина, в чиито поли се намира Гоце Делчев.
След 1949 г. в града са Неврокоп има 14 градски отбора създадени на ведомствен принцип – „Строител“, „Червено знаме“ (1949-1959), „Динамо“, „Спартак“, „Пирин“ и други, които се развиват към съответните отраслови профсъюзи. През 1957 г. всички тези отбори, без „Спартак“, са обединени в ДФС „Пирин“. През 1985 г. на основата на едноименното дружество се образува ФК „Пирин“, който започва да се развива самостоятелно. За първи път „Пирин“ се класира в „Б“ група през 1982 г., където играе до 1985 г., когато отборът е изваден по административен път с неясни аргументи от „Б“ група, след като е заел седмо място. Отборът се завръща във втория ешелон през 1993 г. и играе там до пролетта на 1995 г. За трети път ФК „Пирин“ влиза в „Б“ група през есента на 2005 г. През сезон 2006/2007 се класира на трето място, а в 2011/2012 стига до най-големия си връх, спечелвайки правото да играе в „А“ група след серия от 27 мача, в които има 19 победи, 5 равни и 3 поражения, носещи му 62 точки, с 6 повече от втория „Спортист“ (Своге).
