От [[януари]] 2013 г. Стоянов играе в [[ПФК Лудогорец 1945 (Разград)|Лудогорец (Разград)]]. С този отбор той постига най-големите си професионални успехи. Дебютира в А ПФГ на [[3 март]] 2013 г. в срещата „Лудогорец“-[[Черно море (Варна)]] 2-0 <ref>[http://www.sportal.bg/statistics_game.php?champ=1&season=88&game=20540 Лудогорец-Черно море 2:0]</ref>. Дебютира в Б ПФГ на [[4 октомври]] 2015 г. в срещата „Лудогорец II“2“-[[Ботев (Гълъбово)]] 0-1 <ref>[http://www.sportal.bg/statistics_game.php?champ=26&season=146&game=32631 Лудогорец 2-Ботев (Гълъбово) 0:1]</ref>. Стоянов играе успешно с отбора си в турнира Лига Европа, където е достигнат осминафинал. През есента на 2014 вратарят показва отлични изяви в Шампионската лига и става титуляр в националния отбор. Въпреки това треньорът [[Любослав Пенев]] не го включва в мача с [[Национален отбор по футбол на Норвегия|Норвегия]] на [[13 октомври]] [[2014]] г. от квалификациите за Европейско първенство, а предпочита за вратар [[Николай Михайлов (футболист)|Николай Михайлов]], който е резерва в клубния си отбор и е без игрова практика към момента. Михайлов допуска груба грешка с гол и [[Национален отбор по футбол на България|България]] губи мача с 1:2. През пролетта на 2015 Михайлов отново е спорно предпочетен пред Стоянов от новия национален треньор Ивайло Петев във важната квалификация срещу Италия в София.
