Роден е в [[Хоубоукън]], [[Ню Джърси]]. Той е единствено дете в семейството на Даниъл Айкен и Маргарет Емили Майриш-Айкен.
През 1919 г. завършва гимназия в [[Индианаполис]]. През 1923 г. се дипломира от [[Уисконсински университет|Уисконсинския университет]] в [[Мадисън]] с бакалавърска степен по [[електротехника]]. През 1932 г. се записва да учи [[физика]] в [[Чикагския университет]], но напуска още първатав годинапърви курс, недоволен от програмата на висшето учебно заведение. През 1933 г. започва обучение в [[Харвардския университет]], където се дипломира през 1937 г. с магистърска степен по физика, а през следващата година защитава дисертация ''Theory of Space Charge Conduction''. През 1939 г. получава [[доктор|докторско звание]] по физика.<ref name='aikenbio'>{{Цитат уеб | уеб_адрес =http://history-computer.com/People/AikenBio.html | заглавие =БиографияBiography наof ХауърдHoward на сайтаAiken ||издател=www.history-computer.com | достъп_дата =2011-03-09 | език =en}}</ref>. Именно по време на работата по дисертацията се появява интересът му към разработване на компютър поради нуждата от решаване на системи от нелинейни диференциални уравнения. През 1937 г. той прави постъпки пред компанията за механични и електро-механични калкулатори ''Monroe Calculating Machine Company'', но получава отказ. През 1941 става асистент по приложна математика в Харвард, а през 1946 – професор<ref name='aikenbio'/>.
През 1939 г. поуспява да заинтересува с проекта си за компютър [[IBM]]<ref>{{Цитат уеб| уеб_адрес= http://history-computer.com/Library/AikenProposal.pdf| заглавие= Proposed Automatic Calculating Machine|фамилно_име= Aiken|първо_име= Howard}}</ref>, която разработва табулиращи машини. По идея и проект на Айкен започва конструирането на електро-механичниямеханичен компютър ASCC ({{lang-en|Automatic Sequence Controlled Calculator}}), по-късно преименуванстанал наизвестен като [[Марк I (Харвард)|Harvard Mark I]]. Компютърът решава първата си задача през 1943 г., а 1 година по-късно е инсталиран и започва работа в Харвард.<ref name='mark'>{{Цитат уеб | уеб_адрес =http://history-computer.com/ModernComputer/Relays/Aiken.html | заглавие =The MARK computers of Howard Aiken | достъп_дата =2011-03-12 | език =en}}</ref> По поръчка на [[Военноморски сили на Съединените американски щати|военноморските сили на САЩ]], Айкен построява компютъра [[Harvard Mark II]], завършен през 1947 година.<ref name='mark'/><ref>{{Цитат уеб | уеб_адрес =http://inventors.about.com/library/weekly/aa052198.htm | заглавие =The Harvard MARK I Computer - – Howard Aiken and Grace Hopper | достъп_дата =2011-03-16 | език =en}}</ref> Построенни са още 2 компютъра от същата серия – Harvard Mark III и Harvard Mark IV.<ref name='mark'/>
Женил се е три пъти: през 1939 за Луиз Мансил, с която имат дъщеря Рейчъл. Развеждат се през 1942 г. Вторият му брак е с Агнес Монтгомъри от 1943 до 1961 и също имат дъщеря Елизабет. Третият и последен брак е с Мери Макфарлан, без деца.
Женен е за Мери Айкен, с която има дъщеря. Умира в [[Сейнт Луис]], [[Мисури]], докато е на бизнес пътуване.<ref name='aikenbio'/>▼
Пенсионира се на 60-годишна възраст и се установява във [[Форт Лодърдейл]], [[Флорида]], където заема почетната длъжност Distinguished Professor of Information в Университета на Маями, но без да преподава. Продължава да е активен и основава частна фирма Howard Aiken Industries Incorporated, която оздравява бизнес компании, изпаднали в затруднения. В областта на информатиката консултира компании като Lockheed Missiles и Monsanto и работи в областта на криптирането на данни<ref name='aikenbio'/>.
▲Женен е за Мери Айкен, с която има дъщеря. Умира в [[Сейнт Луис]], [[Мисури]], докато е на бизнесв пътуванекомандировка.<ref name='aikenbio'/>
