Островът е изключително богат на води – хиляди езера и множество реки. Най-големите реки на остров Банкс са: Томсън, Биг Ривър, Барнард, Лени и Келет, като първата тече на север и се влива в протока [[Макклур (проток)|Макклур]], а останалите – на запад и се вливат в [[море Бофорт]].
Островът се намира в два североамериканскисеверноамерикански екологични региона – арктическа тундра (английски Arctic coastal tundra) и полярна тундра ( английски Middle Arctic tundra). На Банкс не растат дървета, като най-високото растение на острова е арктическата върба, която рядко достига повече от 40 см височина, а обичайната ѝ е около 10 см. През 1961 г. на острова са основани две защитени зони на прелетни птици. В северната част е разположен националния парк Олавик. На острова обитава 2/3 от световната популация на малката бяла гъска, която прелита от юг. Тук се намира и най-голямата в света концентрация на овцебикове – около 70 хил. глави, като в района на единственото селище на острова Сакс Харбър ежегодно се организира ловуване. Освен това на острова има множество елени карибу, бели мечки и единствения в света хибрид между бяла и кафява мечка.
