През 2016 г. Алберто Контадор почвазапочва сезона нормално с обиколката на Каталуния. Заема 2-ро място презв 3тия3-тия етап. НакраяВ заемагенералното 2класиране мястона вобиколкота генералнотозаема класиране2-рото място. ПочваЗапочва Обиколката на Паис Васко ударно,но накраяи печели генералното класипане. В Париж-Ница прави атака на 6-тия етап която бешее неуспешна и накраятова позволява на Геран Томас и Закарин да го настигнаханастигнат и финиширахафинишират заедно. До финала Контадор прави много атаки и заема второ място в генералното класиране на 4 секунди от Геран Томас.Започва Участва в Критериум ДауфинеДуфине като печели първия етап и пази жълтата фланелка до петия етап, когато Крис Фруум му прави атака и печели етапа. Контадор прави атака в последния етап, но нетя бешее успешнабезуспешна и завършва 5-ти в генералното класиране на 35 секунди от Крис Фруум. Малка разлика, но факт. Контадор започва тура в прекрасна спортна форма, но в първия етап пада на 56 километра до финала в много остър завой. Не губи време през първия етап, но нещастието идва ввъв втория етап където пак пада и губи 1 минута от всичките си съперници. В петия етап губи 30 секунди от съперниците си. В осмия етап който е кралския етап той изостава много и в деветия етап се разболява и се отказва. След нещастието въвв Тура, той печели обиколката на Бургос и отива въвзапочва Вуелтата в прекрасна форма. В първия етап който е отборен часовник остава на 50 секунди от съперниците си във Movistar и SKY. Нещастието идва в 8-мия етап където пада. На следващия ден направи атака на Фруум и Валверде и си връща 20 секунди. В десетия етап губи доста време, както и в единадесетия.В четиринадесетия етап прави атака на Фруум и Кинтана но те го настигнаха и той губеше време.В петнадесетия етап прави брутална атака в началото където бе последван от Кинтана и Брамбила. СтанаСтанава четвърти в генералното класиране на 3 секунди от Чавес и 20 на Фруум. В деветнадесетия етап който е часовник той става трети пред Чавес на минута и 30 секунди. В двадесетия етап Губи време и остава четвърти в генералното класиране.
По време на Обиколката на Франция е съобщено че Контадор е в преговори с Трек-Сагафредо за сезон 2017. През септември тази новина е официално потвърдена, като е съобщено че съотборника и добър приятел на Контадор, Хесус Хернандес и спортния директор на Тинкоф, Стивън де Йонг също ще преминат в Трек.
