Името уинебаго„уинебаго“ не е от техния език, а е от [[алгонкински езици|алгонкински]] произход. Племето [[фокс (племе)|фокс]] нарича хората „уинипегуек„уинипегуек“ – хората„хората от вонящата вода“, имайки предвид богатите на водорасли води на езерото Уинебаго. Французите превеждат името като „вонящите хора“ и го съкращават до Пуан. В английския просто става като „Мръсните“. Самите уинебаго се наричат Хочунгра (Хочунгара, Хочангара, Очангара) – хората на големия език или хората на родоначалната реч, позовавайки се на тяхната роля като древни хора, от които се появяват останалите сиукски племена.<ref name="Sultzman"></ref>
