Според анализ на МВР от 1994 г. около 40 процента от архивите на ДС са прочистени по заповед на [[Атанас Семерджиев|ген. Семерджиев]] от 29 януари 1990 г., като специално за работните дела на агентите (агентурни донесения) това касае 75% от случаите<ref name="ДС">{{Цитат уеб| уеб_адрес=http://desebg.com/2011-01-16-11-42-13/3533-2018-04-02-10-03-12 | заглавие=Всички разбират от досиетата на ДС (какво бе пропуснато при прочита на делото „САБИНА“ – Юлия Кръстева) |достъп_дата = 3 април 2018|фамилно_име= Христо|първо_име=Христов |дата=2 април 2018 |труд= |издател= |език= |цитат= }}</ref> Поради това е трудно да се установи пълната дейност на разкритите сътрудници и Комисията много често установява само, че са налични картони за съответния сътрудник и данни в регистъра, което надлежно обявява според буквата на закона. Тази непълнота, водикакто и възможността за различни интерпретации на наличните материали водят до редица разгорещени публични обсъждания, обикновено след обявяването на принадлежност на някои известни публични личности, например [[Георги Първанов#Сътрудник на специалните служби 1989 – 1993 (2006)|Георги Първанов]] (2007), [[Жан Виденов#Сътрудник на ДС|Жан Виденов]] (2007), [[Стоян Сталев]] (2008)<ref>[http://comdos.bg/Начало/Decision-View/p/view?DecisionID=202 Решение № 25/12.02.2008 г.] на Комисия за разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към Държавна сигурност и разузнавателните служби на Българската народна армия, 2008.</ref>, [[Юлия Кръстева]] (2018) и др. Например Стоян Сталев атакува решението на Комисията пред [[Конституционен съд на България|Конституционния съд]] с аргумента, че липсват собственоръчно подписани документи, но съдът отхвърля иска, като се позовава на факта, че е налице мащабномащабното прочистване на архивите през 1990 г.<ref name="ДС"/>.
ДругЗаконовата недостатъкуредба нане законоватапоставя уредбазадължение за дейността напред Комисията е, че тя няма задължение да интерпретира материалите, инито да отчита политиката на режиматогавашния режим към българите зад граница. Според Христов ДС разделя много ясно българите в чужбина на две категории: лоялни към [[БКП]] и изменници на родината, причислявани към т. нар. „вражеска емиграция“.
За лоялните тоталитарният режим не прилага рестрикции (те могат безпрепятствено да се връщат в НРБ, близките им сравнително лесно пътуват в чужбина и т. н. Лоялните режимът може да използва явно в прокарване на своята политика, а ДС ги използва неявно, като ги вербува и постига онези цели, които не могат да се осъществят по легален път)<ref name="ДС"/>.
