Йохан II фон Шварцбург-Вахсенбург се жени на 16 юли 1358 г. за Рихца фон [[Дом Хенеберг|Хенеберг]] († сл. 1384), вдовица на граф [[Хайнрих IV (Орламюнде)|Хайнрих IV фон Ваймар-Орламюнде]] († ок. 1357), дъщеря на граф Попо IX фон Хенеберг-Хартенберг-Ашах († 1348) и втората му съпруга [[Рихца фон Хоенлое]] († 1337). Бракът е бездетен.
Йохан II фон Шварцбург-Вахсенбург се жени втори път сл. 13 декември 1377 г. за София фон Шварцбург († сл. 1395), вдовица на граф [[Фридрих II [[Графство Орламюнде|фон Орламюнде]] († 1367), граф [[Георг I фон Кефернбург-Илменау]] († 1376) и на граф Хайнрих XI [[Графство Щолберг|фон Щолберг]] († 1377/78), дъщеря на [[крал]] [[Гюнтер XXI (Шварцбург-Бланкенбург)|Гюнтер XXI фон Шварцбург-Бланкенбург]] († 1349) и Елизабет фон [[Хонщайн (род)|Хонщайн-Клетенберг]] († 1380), дъщеря на граф [[Хайнрих IV фон Хонщайн-Клетенберг]].<ref>[http://genealogy.euweb.cz/schwburg/schwburg2.html#G14 ''Schwarzburg 2''], genealogy.euweb.cz</ref> . Те имат децата:<ref>[http://genealogy.euweb.cz/schwburg/schwburg4.html ''Schwarzburg 4'], genealogy.euweb.cz</ref><ref>[http://www.our-royal-titled-noble-and-commoner-ancestors.com/p1204.htm#i36165 ''Johann II, Graf von Schwarzburg-Wachsenburg''], our-royal-titled-noble-and-commoner-ancestors.com</ref><ref>[http://ww-person.com/cgi-bin/l1/LANG=germ/INDEX=I131186 ''Johann II. Graf v.Schwarzburg-Wachsenburg''], ww-person.com</ref>
* Гюнтер XXX, граф фон Шварцбург-Вахсенбург († ок. 1395), женен за Ютта фон Шварцбург-Бланкенбург († 1372)
