На 25 август 1889 г. Венедиков постъпва във [[Военното училище|Военното на Негово Княжеско Височество училище]] в София и го завършва през 1892 г. с отличие – на 2 август е произведен в чин [[подпоручик]] и зачислен в [[Първи конен полк|1-ви конен полк]] в София.
През [[1895]] г. Йордан Венедиков става член на [[Върховен македоно-одрински комитет|Македонския комитет]]<ref>[http://www.macedonia-science.org/files/Prilozenie_VMOK_Socialen_sustav.pdf Списък на членовете на Върховния македоно-одрински комитет (март 1895 – февруари 1903 г.) pdf]</ref>. След арменското въстание през 1895 г., по инициатива на [[Трайко Китанчев]] се подготвя [[Четническа акция на Македонския комитет|Четническата акция]] за освобождаване на българите в Македония. Венедиков изоставя военната служба и взема участие в акцията, като оглавява чета в Струмишката дружина.<ref>Зафиров, Д., Златарева, А. Генерал Йордан Венедиков – избрани произведения, София, 1991, Военно издателство, стр. 6.</ref>
През 1908 година завършва [[Торинска военна академия|военната академия]] в [[Торино]], [[Италия]] и същата година служи като адютант в [[Кавалерийска инспекция|Кавалерийската инспекция]], а от 1911 г. е командир на ескадрон в 1<sup>–ви</sup> конен полк. Участва в двете Балкански войни като командир на [[ескадрон]]. През 1914 г. е назначен за временен помощник-началник на [[Военноисторическа комисия|Военноисторическата комисия]] в Щаба на армията.
През [[България в Първата световна война|Първата световна война]] (1915 – 1918) е командир на [[Четвърти конен полк|4<sup>-и</sup> конен полк]]. В началото на [[1917]] година полковник Венедиков е назначен за началник на щаба на [[Четвърта пехотна преславска дивизия|4-та Преславска дивизия]]. На 16 март 1917 г. е назначен за командир на 1<sup>-ва</sup> бригада от [[Беломорска отбрана|Беломорската отбрана]], а през 1918 г. е офицер за поръчки при Щаба на действащата армия. В запас излиза през 1919 година и се отдава на журналистическа и военно-научна работа. През 1936 година за големите му заслуги му е присвоено звание [[генерал-майор]].<ref>Николов, Борис Й. Вътрешна македоно-одринска революционна организация. Войводи и ръководители (1893 – 1934). Биографично-библиографски справочник, София, 2001, стр. 26.</ref>
