Проходът е наречен по името на римския император [[Траян]], с когото се свързва съществувалата там крепост. Проучена е през [[1975]] г. при разкопки, ръководени от [[Димитрина Джонова]]. Датата на първоначалното строителство на крепостта е неизвестна, като първите писмени сведения за нея са от [[3 век]]<ref>{{cite web | last = Кирова| first = Ан.| year = 2006| url = http://big.bg/modules/news02/article.php?storyid=14979| title = Троянови врата – уникалната крепост| publisher = Интернет Медия БИГ.БГ| accessdate = 19 септември| accessyear = 2007}}</ref>. Крепостта е известна също и като '''Щипон'''.
В Древността проходът носи името '''Суки''' (на [[латински]]: ''Succi''), а непосредствено до него е изградено укрепление и пътна станция на име ''Соней'' (на латински: ''Soneium''). През [[4 век]] историкът [[Амиан Марцелин]] описва прохода по следния начин:
Ред 39:
През Средните векове проходът е наричан '''Царски проход''' (на [[гръцки]]: ''Βασιλική κλεισούρα'') или „Царски врата“ (на [[гръцки]]: ''Βασιλική πύλη''), а по-късно и '''Български проход''' (на гръцки: ''Βουλγαρική κλείσις'').
Проходът влиза в историята през [[986]] г., когато [[Византия|византийският]] император [[Василий II (Византийска империя)|Василий II]] предприема поход срещу България в стремеж да откъсне български територии. На 17 август българската войска начело с бъдещия цар [[Самуил]] пресреща византийците при прохода Траянови врата и напълно ги разбива (вж. [[битка при Траянови врата]])<ref>[http://www.standartnews.com/archive/2004/08/23/history/index.htm ''„При Самуил стигаме до Коринт и Далмация“'', проф. Божидар Димитров], в-к Стандарт, 23 август 2004</ref>.
Името ''Траянови врата'' е използвано за пръв път от историка [[Антоний Бонфиний]] (1427 – 1502) във връзка с похода на [[Владислав III|Владислав Варненчик]], който преминава прохода с войските си през [[1443]] г. По време на [[османското владичество]] проходът е наричан и с турското име '''Капъджик дервент''' ({{lang-tr|kapı}} – капия, врата, и ''dervent'' – проход), както и '''Маркова капия'''. Огромната арка на римската порта, висока около 18 метра, е била запазена до XIX[[19 век|век]]<ref>П. Мутафчиев, Старият друм през Траянови врата, Списание на БАН, 55, 1937, 19 – 146</ref>.
