Наличието на [[метан]], [[етан]] и [[етин]] на екватора на Нептун е от 10 до 100 пъти по-голямо, отколкото на полюсите. Това се тълкува като доказателство за издуване на планетата при екватора и сплескване при полюсите.<ref name="atmo" />
През 2007 г. се установява, че горната част на [[тропосфера]]та на южния полюс на Нептун е с около 10° °C по-топло от останалата част на Нептун, която има средна температура от около -200° °C (70 K).<ref>{{cite web| title=Evidence for methane escape and strong seasonal and dynamical perturbations of Neptune's atmospheric temperatures |author=Orton, G. S., Encrenaz T., Leyrat C., Puetter, R. and Friedson, A. J. |work=Astronomy and Astrophysics| url=http://www.aanda.org/index.php?option=article&access=doi&doi=10.1051/0004-6361:20078277 |year=2007| accessdate=2008-03-10}}</ref> Топлинната разлика позволява на метана, който в останалите части на планетата е в замръзнало състояние, да се превръща в газ около южния полюс и да излита в Космоса. Относителната „гореща точка“ се дължи на наклона на оста на Нептун, която излага южния полюс към Слънцето за последната 1/4 от нептуновата година, или около 40 земни години. Тъй като планетата се придвижва бавно към обратната страна на Слънцето, южният полюс отново ще стане по-студен, а размразяването на метана ще протича около северния полюс.<ref>{{cite news
